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Die genetischen Varianten des IL6 Gens werden im Zusammenhang mit einem veränderten Lipidstoffwechsel, einem erhöhten Risiko für das Auftreten eines Diabetes Typ II, des Morbus Crohn oder der Arteriosklerose beschrieben. Studien berichten über einen signifikanten Zusammenhang zwischen der erhöhten IL6-Aktivität und einer aggressiven Parodontitis.
Drei genetische Varianten vor dem Interleukin 6 Gen haben Einfluss auf die IL 6 Produktion. Ein definierter Haplotyp führt zu einer starken IL6 Produktion. Im Zusammenhang mit einer genetisch bedingt hohen IL6 Produktion wird ein schlechteres antivirales Therapieansprechen (HIV, Hepatitis C) beobachtet. Darüber hinaus ist eine der Varianten mit erhöhten basalen Serumwerten des C-reaktiven Proteins assoziiert.